שלום רב,
ראשית אציין כי הפטור ממס בגין תשלומי שכר דירה לדירה חלופית חלים על מס שבח ולא על מס הכנסה.
אם וככל שמבחינה מעשית, ההכנסה אינה משמשת לצורך השכרת דירה חלופית עבור בעלי הדירה, אלא עבור אובדן ההכנסה מדמי שכירות בתקופת הבניה, ההיגיון אומר שצריך לחול מס באשר להכנסה זו.
(כלומר, אם אינך מתגורר בדירה ואינך נדרש לעבור לדירה חלופית בשל ביצוע הפרויקט, אזי שהתשלום מהווה פיצוי על אובדן דמי השכירות אשר ממוסים במס הכנסה)
אני מוכרח לציין שאינני מכיר מקרה דומה שהובא בפני מס הכנסה כשאילתה.
כך או אחרת, אני אם הדבר מוסכם על היזם ניתן לציין בהסכם כי אם וככל שיחול מס, מכל מין וסוג בגין דמי השכירות, יחול וישולם המס ע"י היזם וכי התשלום עבור דמי שכירות חלופיים בסך _______הינו "נטו" לאחר קיזוז מס היזם ומס בעל הדירה מכל מין וסוג.
אני ממליץ לבדוק את הנושא מול יועץ מס או רו"ח המתמחה בעניין זה.
בהצלחה,